Skałka to nazwa przedchrześcijańskiej osady obronnej położonej na wapiennej skale nad Wisłą, niedaleko wzgórza wawelskiego. Według podań, wpierw stała tam świątynia pogańska. Na jej miejscu zbudowano kościół romański pw. św. Michała Archanioła. Następną była świątynia gotycka, którą w XIV w. postawił król Kazimierz Wielki. Od 1472 roku opiekują się nią Ojcowie Paulini, których sprowadził tu Jan Długosz. Zbudował tam też nowy kościół. Jan Długosz po śmierci został pochowany pierwotnie w katedrze wawelskiej. W 1792 roku jego szczątki przeniesiono do niszy grobowej w kościele na Skałce, a w 1880 roku umieszczono w sarkofagu w Krypcie Zasłużonych.
Swoje znaczenie Skałka zawdzięcza męczeńskiej śmierci biskupa krakowskiego, św. Stanisława, w 1079 r. Choć zwłoki biskupa od 1089 spoczywają w katedrze wawelskiej, Skałka to miejsce jego kultu, sanktuarium i miejsce kultywowania patriotyzmu, szczególnie w czasie zaborów. W podziemiach kościoła znajduje się Krypta Zasłużonych, czyli panteon narodowy. Spoczywają tam: Jan Długosz, Stanisław Wyspiański, Karol Szymanowski, Wincenty Pol, Józef Ignacy Kraszewski, Józef Siemiradzki, Adam Asnyk, Jacek Malczewski, Czesław Miłosz oraz zmarli ojcowie i bracia Paulini. Ze Skałką szczególnie związany był Karol Wojtyła, późniejszy papież, Jan Paweł II. Dzisiejsza świątynia ma tytuł Bazyliki pod wezwaniem św. Michała Archanioła oraz św. Stanisława Biskupa i Męczennika.